В 1С Битрикс приходят неактивные рубрики и товары из 1С
Разделы и товары могут приходить из 1С, но быть неактивными, т.е. статус товара стоит "Активность" нет.Это говорит о том, что версии редакции 1С Битрикс не совпадают с количеством выгружаемых складов.
Как только начнете выгружать только 1 склад, все товары приобретут активность "Да".
НО, есть еще один ньюанс, необходимо, чтобы на вашем складе, остатки товара были занесены корректно.
Если у вас не стоит количество товара в 1С, то и работать 1С Битрикс корректно работать не будет.